El Parque Nacional Barra Honda, de 2.295 ha., protege sistemas de cavernas, parches boscosos, tierras en regeneración y nacientes de agua presentes en los cerros calcáreos de Barra Honda, Quebrada Honda y Corralillo en el cantón de Nicoya, provincia de Guanacaste.
El cerro Barra Honda está constituido por depósitos de calizas arrecifales - antiguos islotes del Mioceno -, los cuales se elevan hasta los 300 m. sobre las llanuras de colmatación del río Tempisque. Las lluvias que caen sobre las calizas, aproximadamente 1.900 mm. por año, forman pequeños hoyos circulares llamados dolines. El agua cargada de anhídrido carbónico, es retenida aquí y se infiltra poco a poco por las diaclasas (grietas o fracturas) hacia el interior de la roca, disolviendo sustancias calcáreas de un lugar y depositándolas en otros. Así se llega a conformar un sistema de drenajes internos, que con el paso del tiempo - miles de años - dan lugar a paisajes de cavernas con bóvedas o salas. Del techo de estas bóvedas cuelgan las estalactitas y del suelo surgen las estalagmitas. La unión de ambas configuran columnas, cortinas y otras formaciones de gran belleza. Las estalactitas se forman por el constante goteo de agua y la solidificación del calcio presente en cada gotita. Algunas gotas, por el efecto de la gravedad, logran impactar en el suelo acumulando el calcio que, endurecido forma concreciones, crece hacia arriba y se convierte en estalagmitas.
En cerro de Barra Honda se han descubierto 42 cavernas; las más espectaculares son la de Terciopelo, de 60 m. de profundidad, con 5 salas; la Trampa, de 110 m., con 4 salas; la Santa Ana, que alcanza 240 m. de profundidad; la Pozo Hediondo, con abundancia de murciélagos, y la Nicoa, en la cual se encontraron restos humanos, utensilios y adornos del período precolombino. La Santa Ana destaca por sus originales y abundantes estalactitas, estalagmitas, columnas, perlas, flores, agujas de yeso, champiñones y otras formaciones de belleza fantasmagórica.
Al visitar cavernas se debe tomar en cuenta que en muchas de ellas viven algunas especies de murciélagos portadoras del gérmen patógeno de la rabia y de la espora Histoplasma capsulatum, que puede alojarse en los pulmones y causar la muerte. Por lo demás, las rocas propias de estos sitios son ricas en calcio y se emplean como correctivos de suelos y como piedras ornamentales.
El cerro Barra Honda tiene forma de trapecio, con una cima ondulada que termina abruptamente en escarpes rocosos, al pie de los cuales hay conos de derrubio y otros tipos de depósitos. Sobre este paisaje, con clima muy caliente y subhúmedo, crecen especies forestales semideciduas y siempreverdes. Algunos elementos de esta floresta son el ron-ron, el gallinazo, el indio desnudo, el poro-poro, el madroño y el peine de mico. La fauna no es abundante en este parque, porque parte del área fue utilizada hace años para la ganadería extensiva; sin embargo, sirve de refugio a venados, mapachines, pizotes, zorros pelones, zorros hediondos, zopilotes, cabecirrojo, coyotes, urracas y catanos.
El Parque Nacional Barra Honda está ubicado muy cerca de la desembocadura del río Tempisque, a 22 km. al E. de la ciudad de Nicoya. Dos rutas principales conducen a la administración, emplazada al pie del cerro Barra Honda, en el sector S.: Nicoya - Pueblo Viejo - Nacaome - administración (22 km.), o la ruta del transbordador del Tempisque, que continua a Puerto Moreno - Quebrada honda - Nacaome - administración (21 km.).